Konzeption und Integration eines OMERO-Servers zur Verwaltung und Bereitstellung von Mikroskop-Bilddaten

Status: completed
Supervisor: Horst Hellbrück
Student: Julia Klingner

Topic

In der Stammzellenforschung von Organismen undn Organgen stellen IT-Systeme ein wichtiges Werkzeug dar. Um verschiedene Eigenschaften von Zellen zu beobachten und zu erforschen, werden diese u.a. mithilfe von Timelapse-Aufnahmen unter dem Mikroskop in einer Petrischale beobachtet. Die Timelapse-Aufnahmen können bis zu mehreren Tagen andauern, da sich die Zellen sehr langsam bewegen und vermehren. Es werden acht verschiedene OPositionen in der Petrischale mit einem Mikroskop angefahren, in denen mit zwei verschiedenen Kontrasten sechs Bilder pro Stundeüber einen Zeitraum von 48 Stunden aufgenommen werden. Das Resultat ist ein Bildstapel, der aus 4608 Bildern besteht und eine durchschnittliche Dateigröße von 3 Gigabyte hat. Das Labornetz soll mit Hilfe eines Softwareprodukts OMERO an die restliche Infrastruktur angschlossen werden.

Details

Aus dieser Aufgabenstellung ergeben sich folgende Teilaufgaben:

  • Analye der aktuellen Zustand der Labornetzes sowie dien Bestandsaufnahme der vorhandenen Computer und Netzwerkkomonenten.
  • Planung des Labornetzes mit dme OMERO-Server als Schnittstelle zum Firmennetz.
  • Umsetzung inkl. Nachrüstung von Hardware und Software auf Server und PC's
  • Installation und Konfiguration des OMERO-Servers
  • Integration des Servers in die Fraunhofer EMB Infrastruktur und ANbindung des Labornetzes.
  • Evaluation der neuen OMERO-Lösung im Vergleich mit der bisher eingesetzten Lösung für Timelapse-Aufnahmen:
    • Vergleich der Arbeitsprozesse
    • Untersuchung von Schwachstellen und Hindernisse bei der Benutzung des neuen Systems
    • Notwendige Hilfestellungen für Benutzen

Tasks

  • Schriftliche Ausarbeitung, die den Fokus auf Bewertungskrieterien für Entscheidungen und die Evaluation legt.
  • Netzplan des Labornetzes
  • Installationsanleitung
  • Benutzerhandbuch

Abschlussarbeiten aus dem Bereich Privacy und Security

Die genaue Aufgabenstellung bzw. der Schwerpunkt kann individuell abgestimmt werden. Bei Interesse wenden Sie sich bitte an Dorina Gumm (dorina.gumm@th-luebeck.de).

Gamedesign for Security and Privacy (GSP)

Spielerisch lernen: Wie funktioniert Cross-Site-Scripting? Wie kann ein Identitätsdiebstahl erfolgen? Wie können Plattformzugänge gesichert werden? Warum sollte man Kommunikation verschlüsseln? Entwickeln Sie Spiele, mit denen Sie die Spieler an Themen aus dem Bereich Sicherheit, Selbstschutz und Privacy heranführen.

In dem GSP-Projekt geht es um die Frage, wie o.g. Themen mittels Gamification erlebbar und damit einem breiteren Adressatenkreis zugänglich gemacht werden können. Ziel ist es, die Awareness für diese Themen in der Gesellschaft als auch in Unternehmen zu fördern (Digitale Mündigkeit). Wenn Sie daran Interesse haben, können Sie sich diesen Themen im Rahmen von Design- und Praxisprojekten sowie Abschlussarbeiten widmen.

Datenschutz, Datenhandel und Datenanalyse (D3)

Datenschutz und Usability: Datenschutz wird öffentlich häufig als Innovationshemmer dargestellt, der Funktionsumfang und Usability von Anwendungen beeinträchtigt. Ist dem wirklich so? Wie können Anwendungen datenschutz- und benutzungsfreundlich entwickelt werden? Welche Mechanismen zur Anonymisierung/Pseudonymisierung gibt es und wie können sie im Design-Prozess berücksichtigt werden?

Mit Daten den Fachbereich gestalten: Mit öffentlichen Daten können hilfreiche Tools für den Alltag, spezielle Aufgaben oder das Gemeinwohl entwickelt werden (z.B. ÖPNV-Fahrpläne, Wetterdaten für Wassersportgebiete, Feinstaubmessungen). Mit welcher Art Daten könnte die Lehre und der Alltag am Fachbereich verbessert werden? Wie könnten diese in Web-Anwendungen genutzt und aufbereitet werden? Welche gesellschaftlichen Fragen sind damit verbunden?

Lernprozesse mit Daten unterstützen: Unter den Schlagworten Learning Analytics und Educational Datamining werden derzeit Ansätze diskutiert, wie Lernende automatisiert beim Lernen unterstützt werden können. Dazu werden viele persönliche Daten erhoben, aus denen der Lernstand und Lernbedarfe analysiert werden sollen. Hieraus ergeben sich Fragen bezüglich des Datenschutzes, der Verlässlichkeit der Ergebnisse als auch bzgl. gesellschaftlicher Fragestellungen (z.B. der Rolle von Lehrenden, Anforderungen an Lernende, Stellenwert von Bildungsmaßnahmen u.ä.).